Năm 192, Đổng Trác bị Tư đồ Vương Doãn và tướng Lã Bố giết chết. Bộ tướng của Đổng Trác là Lý Thôi, Quách Dĩ mang quân báo thù, đánh vào Trường An giết Vương Doãn, đuổi Lã Bố, trở thành quyền thần mới nắm vua Hiến Đế.

Đào Khiêm mến mộ tài năng của Chu Tuấn, bèn liên kết với các chư hầu như Thứ sử Dương châu là Chu Càn, Tướng quốc Bắc Hải là Khổng Dung, Thái thú quận Thái Sơn là Ứng Thiệu cùng và Bác sĩ Trịnh Huyền gửi thư cho Chu Tuấn, tôn ông làm Thái sư, hứa cấp phát binh mã và quân lương trong nửa năm để Chu Tuấn đi đánh Lý Thôi và Quách Dĩ. Lý Thôi bèn theo kế của mưu sĩ Giả Hủ, dùng danh nghĩa Hiến Đế sai người đi gặp Chu Tuấn mời ông vào triều.

Tướng sĩ dưới quyền kêu gọi ông nên theo Đào Khiêm đánh Lý Thôi. Sau khi cân nhắc, Chu Tuấn quyết định không cầm quân chống Lý Thôi nữa mà vào Trường An, cho rằng Lý Thôi và Quách Dĩ tài năng tầm thường sẽ trở giáo đánh nhau, tới lúc đó ông có thể lợi dụng tình hình để giúp nhà Hán. Vì vậy ông từ tạ Đào Khiêm vào Trường An nhận chức Thái bộc. Đào Khiêm đành phải hủy bỏ ý định đánh Lý Thôi cứu thiên tử.

Năm 193, Chu Tuấn được Lý Thôi mời làm Thái úy thay Chu Trung và kiêm việc Thượng thư. Hán Hiến Đế bị Lý Thôi và Quách Dĩ khống chế, phải dựa vào các lão thần như Chu Tuấn, Triệu Khiêm, Dương Bưu, Hoàng Phủ Tung, Mã Nhật Đê, Triệu Trung để kiềm chế một phần uy thế của Lý và Quách.

Năm 194, do có nhật thực bị xem là điềm tai ương, ông bị cách chức[10].

Năm 195, Lý Thôi giết chết Phàn Trù. Để lợi dụng ông, Lý Thôi phong ông làm Phiêu kỵ tướng quân, mang quân ra khỏi Hàm Cốc dẹp các chư hầu chống đối. Nhưng khi Chu Tuấn chưa kịp lên đường thì Lý Thôi và Quách Dĩ cùng muốn một mình làm chủ triều đình nên trở mặt đánh nhau. Ông ở lại Trường An, bị giáng làm Đại tư nông[11].

Hán Hiến Đế và Phục hoàng hậu bị Lý Thôi kéo từ trong cung mang vào doanh trại giam lỏng. Hiến Đế sai Chu Tuấn, Dương Bưu cùng Trương Hỷ tất cả hơn 10 người sang doanh trại Quách Dĩ đề nghị hai bên nên giảng hòa không nên đổ máu. Nhưng khi ông và các đại thần đến nơi thì Quách Dĩ cho rằng họ có ý thiên vị Lý Thôi, bèn bắt giữ làm con tin để đối kháng với Lý Thôi.

Chu Tuấn là người nóng nảy không chịu nhục. Do bị bắt giữ, ông uất ức sinh bệnh mà qua đời trong trại Quách Dĩ, không rõ năm đó bao nhiêu tuổi.